Prilikom čišćenja, treba koristiti posebna sredstva za čišćenje i meku krpu za nježno brisanje rupa mreže aniloks valjka kako bi se spriječilo da tvrdi predmeti oštete njegovu osjetljivu strukturu. Uklanjanje prašine sa površine kućišta mašine, vodilica i otvora za odvođenje toplote servo motora također je ključno za osiguranje nesmetanog odvođenja toplote i stabilnog mehaničkog kretanja. Održavanje podmazivanja mora strogo slijediti specifikacije opreme i redovno dodavati specificiranu mast na vodilice, ležajeve i druge komponente kako bi se smanjio gubitak trenja i održala dugoročna tačnost fleksografske štamparske mašine. Pored toga, dnevne inspekcije zaptivnosti pneumatskih cjevovoda i nakupljanja prašine u električnim ormarićima mogu efikasno spriječiti iznenadne kvarove.

Stabilnost sistema fleksografske štamparske mašine zavisi od dvostrukog održavanja hardvera i softvera. Iako struktura bezzupčaničkog prijenosa pojednostavljuje mehaničku složenost, i dalje je potrebno redovno provjeravati zategnutost servo motora i zategnutost sinhronog remena kako bi se izbjeglo labavljenje i odstupanje registracije. Što se tiče sistema upravljanja, potrebno je pratiti parametre servo pogona u realnom vremenu i kalibrirati sistem registracije. Osjetljivost senzora zatezanja i uređaja za vakuumsku adsorpciju direktno utiče na prijenos materijala, a svakodnevno čišćenje i funkcionalno testiranje su neophodni. Kod dugotrajne upotrebe, upravljanje potrošnim materijalom fleksografskog štampača je podjednako važno, kao što je pravovremena zamjena strugača i starih cijevi za tintu, te redovno pravljenje sigurnosnih kopija parametara opreme kako bi se riješile anomalije podataka. Kontrola temperature i vlažnosti u radioničkom okruženju može smanjiti deformaciju materijala i elektrostatičke smetnje, te dodatno optimizirati efekat štampanja. Samo kroz naučne i sistematske strategije održavanja, fleksografske štamparske mašine mogu nastaviti da ostvaruju svoje prednosti visoke preciznosti i visoke efikasnosti, uz održavanje napora za olakšavanje strukturne optimizacije i tehnološkog napretka unutar industrijskog ekosistema štampanja i pakovanja.